El Museo surgio de la iniciativa del crítico de arte español José María Moreno Galván, que durante el encuentro de intelectuales realizado en Santiago, llamado "Operación Verdad", propuso la creación de un museo internacional en apoyo al gobierno de la Unidad Popular. El Comité Internacional de Solidaridad Artística con Chile recibió alrededor de 500 obras entre 1971 y 1973, que incluyo pin­tu­ras, gra­ba­dos, escul­tu­ras, dibu­jos, tapi­ces y fotografías. Se inauguro el 17 de mayo de 1972 por el presidente Allende. Tras el golpe de Estado del 11 de septiembre de 1973, el museo fue cerrado, y sus obras fueron guardadas en el Museo de Arte Contemporáneo de Santiago. Mientras tanto, en el extranjero artistas que solidarizaron con el gobierno derrocado crearon "Museos de la Resistencia", cuyas colecciones se unieron al fondo original ya recuperada la democracia en Chile, cuando el museo fue reinaugurado en septiembre de 1991 bajo el nombre Museo de la Solidaridad Salvador Allende.